Русский

Статья

За последние 50 лет биология как наука прошла потрясающий путь, открыв невероятные знания о устройстве живых организмов. Этому пути сопутствовал непрерывный набор огромного количества новой информации о строении живого. В настоящее время происходит внедрение новых системных подходов, которые позволяют дополнить качественное знание наук о природе количественным и механистическим анализом
[
1
Mathematical Modelling in Biomedicine: A Primer for the Curious and the Skeptic

Vera, J., Lischer, C., Nenov, M., Nikolov, S., Lai, X., & Eberhardt, M.

International Journal of Molecular Sciences. 2021, T. 22 №2, 547

]
. Уникальные возможности новых синтетических методов, лежащими в основе системной биологии, системной физиологии и системной фармакологии привлекают всё больше и больше учёных
. Прямо сейчас, это уже большее, нежели простое математическое или компьютерное моделирование биологических систем: разработано множество инструментов, включающих различные подходы, такие как науки о больших данных, современные статистические методы, «омики» и многие другие методы, применяемые для понимания, как функционирует организм в норме и патологии.
С другой стороны, пусть новые системные подходы в биомедицине и являются мощным инструментами, из-за своей междисциплинарной природы они являются сложными для понимания как исследователям, так и читателям. Теоретическая и математическая биология многие годы воспринималась биологами скептически и в настоящее время существует опасность, что и системную биологию ждёт схожая судьба.
Именно поэтому, мы считаем, что соответствующая ниша в мире научных журналов, пусть и не пустует, но и не представлена достаточно ярко и явно. Мы уверены, что существует принципиальная необходимость для более глубокого взаимодействия среди учёных, сфокусированных как на конкретных биологических областях, так и на системных походах. Создавая новый научный журнал, наша команда в первую очередь хотела бы обратить внимание именно на это.
Читатель может задаться вопросом: «зачем же нам необходим ещё один журнал, посвящённый in silico исследованиям в науках о жизни?» Безусловно, в данной области уже существует несколько уважаемых и читаемых научных журналов. Однако, статьи по системной биологии, опубликованные в системно-биологических журналах, часто не обладают достаточной научной глубиной в области биологии (независимо от того какая это область). С другой стороны, часто биологи и врачи в целом не обращают внимания на статьи, посвящённые математическому моделированию в этих журналах. Аналогично поступают и все исследователи в целом, если их уровень вовлеченности в математическую биологию недостаточен. Одновременно, экспертиза рецензентов и редакторов профильного биологического журнала может быть недостаточной для корректной оценки работ по системной биологии. Несмотря на это, прикладная математика в биологических науках постепенно завоёвывает всё больше внимания и становится всё более и более ценима аудиторией. Таким образом, становится критически важно понимать все преимущества и недостатки новых методов. Именно поэтому, нашей первой и наиболее важной целью является создание площадки для осмысленных и доступных для понимания дискуссий между физиологами, врачами, биологами, биохимиками и биофизиками, а также математиками.
Наша редакционная коллегия состоит из экспертов в областях физиологии, биологии, математики, иммунологии и, конечно же, системной биологии. Наш научный журнал покрывает такие разделы как самоорганизация на уровне молекул и макромолекулярных комплексов, молекулярные механизмы биологически-значимых реакций, внутриклеточная сигнализация и метаболические сети, регуляция клеточного цикла, экспрессия генов и эпигенетическая регуляция, механизмы физиологических и патофизиологических процессов на уровне клеток, тканей, органов и организмов, фармакологические исследования и диагностика (если они связаны с физиологическими и патологическими механизмами).
Для того, чтобы сделать наш журнал более «дружественным» для авторов, рецензентов и читателей из разных областей, мы рады представить сразу несколько важных принципов. Во-первых, мы считаем, что наука должна быть свободна от любых границ, а потому, SBPReports – Open Access журнал. Более того, мы поддерживаем стремление наших авторов публиковать свои работы на пре-принт серверах для того, чтобы их работы были дополнительно оценены научным сообществом ещё до их публикации. Также, в случае согласия авторов и рецензентов, мы публикуем рецензии на работу и ответы на них одновременно с публикацией самой статьи. На наш взгляд данный принцип позволит сделать науку более прозрачной и открытой. Наконец, мы пониманием, что процесс рецензирования может быть изматывающим и разочаровывающим для всех участников. Поэтому, мы стремимся к применению наиболее прогрессивных схем научного рецензирования. Мы предлагаем двух-стадийную систему оценки статей. Первичная система грубой оценки включает оценивание статьи по стандартизированному набору критериев. На основании полученной оценки, наша система сама предлагает тип рецензии для статьи, а также ограничивает набор возможных пожеланий на второй стадии. Мы уверены, что это позволит снизить количество трудозатрат как рецензентов, так и авторов статей. Наша цель в том, чтобы процесс публикации научных трудов был наполнен энтузиазмом, а не разочарованием и раздражением. Мы также настойчиво рекомендуем авторам предоставлять короткие научно-популярные обзоры при публикации их статей для того, чтобы менее осведомлённая в области системной биологии и фармакологии аудитория лучше могла понять предмет их статьи.
Наконец, мы стремимся к продвижению научного знания и потому SBPReports – би-язычный журнал: хотя в настоящий момент наш базовый язык – английский, все опубликованные статьи будут переводиться на русский для того, чтобы снизить порог входа в науку для более молодых научных сотрудников. Другие языки также будут доступны в SBPReports по мере роста нашего журнала.
SBPReports будет публиковаться поквартально после публикации первого издания в марте. Также мы планируем публиковать и специальные выпуски.
Запуск SBPReports – важная веха для нашей команды, и мы воодушевлены и заинтригованы возможностями и трудностями, которые ожидают наше детище. Мы приглашаем других исследователей присоединяться к нам на этом пути, присылая свои лучшие оригинальные исследования и обзоры. Вместе мы окажем неоценимый вклад в развитие системной биологии и физиологии, не ограниченных никакими барьерами.
 
Искренне Ваш,
Главный редактор SBPReports,
Профессор Михаил Пантелеев

Благодарности

Автор благодарен Алексею Мартьянов (НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачёва) за ценные дискуссии и советы при подготовке статьи.

Библиографические ссылки статьи:

  1. Mathematical Modelling in Biomedicine: A Primer for the Curious and the Skeptic

    Vera, J., Lischer, C., Nenov, M., Nikolov, S., Lai, X., & Eberhardt, M.

    International Journal of Molecular Sciences. 2021, T. 22 №2, 547

  2. Moving from Point‐based Analysis to Systems‐based modeling: Integration of Knowledge to Address Antimicrobial Resistance against MDR Bacteria

    Garcia, E., Ly, N., Diep, J. K., & Rao, G. G.

    Clinical Pharmacology & Therapeutics. 2021, ,

  3. CODY enables quantitatively spatiotemporal predictions on in vivo gut microbial variability induced by diet intervention

    Geng J, Ji B, Li G, López-Isunza F, Nielsen J

    Proc Natl Acad Sci U S A. 2021, 118(13),

  4. Differential Drug Target Selection in Blood Coagulation: What can we get from Computational Systems Biology Models?

    Panteleev M. A., Andreeva A. A., Lobanov A. I

    Current pharmaceutical design. 2020, 26(18), 2109-2115

  5. Mathematical techniques for understanding platelet regulation and the development of new pharmacological approaches

    Dunster, J. L., Panteleev, M. A., Gibbins, J. M., & Sveshnikova, A. N.

    Humana Press, New York, NY.. 2018, , 255-279

  6. Modeling thrombosis in silico: Frontiers, challenges, unresolved problems and milestones.

    Belyaev, A. V., Dunster, J. L., Gibbins, J. M., Panteleev, M. A., & Volpert, V.

    Physics of life reviews. 2018, 26, 57-95